严酷的现实使人们认识到孕期用药的严重性。孕妇用药后，多数药物能通过胎盘进入胎儿体内。孕早期胎儿各器官尚未发育健全，功能还不完善或者没有功能，不能很好地对药物进行分解代谢，药物及其代谢产物容易在体内蓄积，引起中毒，胎儿往往招架不住某些药物的打击，甚至影响各个器官的发育，导致畸形。因此，这一时期孕妇用药要特别小心，如果必须用药，一定要在医生指导下，最好选择一些久经考验的对胎儿没有影响的药物。
在妊娠的中晚期，胎儿各器官均已成形，用药一般不会致畸。但药物的毒性仍然可以间接地通过母体，或直接地通过胎盘影响胎儿。在妊娠晚期，胎盘变薄，有利于药物的吸收运输，例如服用磺胺类药物，可能过胎盘到胎儿体内蓄积，加重新生儿黄疸。
即使是某些孕妇需要的维生素类药物，也不可自作主张地滥用。例如，在孕第12天起服用大剂量维生素A，可引起胎儿唇袭、腭裂等畸形;大剂量维生素B6可造成新生儿维生素B6依赖症，即抽搐时必须给于B6才能制止。
孕期用药对胚胎、胎儿可能产生的损害包括：流产、大小结构上的异常、生长发育迟缓、视听缺陷及行为异常等。
胎儿的药物反应与孕妇所用药物的作用、剂量、给药时间、胎盘通透性有关，而且在很大程度上取决于药物作用的器官或组织，以及胎儿发育的成熟度。据报道，2%的婴儿重要器官畸形和2%的次要器官畸形与怀孕3-8周用药有关。
为了预防和减少药对胎儿的不良影响，孕期应该避免滥用药物。
