灌肠。目的是清理肠道，肠道内部越清洁，检查的效果就越理想。所以灌肠是肠镜检查必经的过程。
2脱去裤子，侧躺在检查床台上。一般可以采用肘膝位,弯腰位,左侧卧位,仰卧位或截石位或是蹲位进行,包括视诊和触诊,视诊就是观察肛门周围有无脓血,脓性分泌物,肛门周围粘膜有无苍白,肥厚,上皮脱落现象,有无充血,水肿,有无瘘管口,有无外痔及皮疹等.
3指诊：检查者带上专用的塑胶手套，用手指探入肛门，检查直肠下部的情况。
肛外指检：戴好手套后，用食指触及肛门周围有无硬结、肿物和压痛，有无波动感，并检查肛外皮下有无瘘管、索条及走向等。
肛内指检即肛门直肠指检，检查方法是：在戴好手套或指套后，在食指和肛门部位涂些润滑油，将食指伸入直肠内检查。如肥皂液,凡土林,液体石腊等
4指诊后采用肠镜做深入检查。医生带摄像镜头的细管从肛门插入肠道，并在插入后不断往里推进。由于推进中可能在加气扩充肠道以便肠镜进入，此时有腹胀的感觉。
在检查过程中应注意被检查者的表情,并询问有无不适或疼痛.注意粘膜是否光滑,有无肿块及搏动感.男性还可触诊前列腺与精囊,女性则检查子宫颈,子宫,输卵管等,必要时配用双合诊.正常人,直肠指诊可感轻度不适,但无痛感.
5如果需要，医生还会利用肠镜在肠道取样进行下一步的活检。在旁的电脑显示器中，医患双方都可以观察到肠道内部的情况。
