其实卵巢肿瘤绝大部分是良性的，包括较大的卵泡形成之滤泡囊肿，较大的黄体形成之黄体囊肿，以及黏液性或浆液性的囊状腺瘤等，乃至于巧克力囊肿、发炎造成的输卵管卵巢脓瘤等，都是良性的。即使是开刀下来的样本，也只有百分之十到十五的卵巢瘤是恶性的。
一般而言，瘤内没有实心部分的水瘤，大都为良性，因此直径五公分以内的，不必紧张，五至十公分的，需仔细追踪检查，如两个月都不缩小或消失，可考虑用腹腔镜手术摘除之。如果更年期之后才出现的，则宜开刀。超过十公分以上的，也应尽速手术治疗，因为恶性的机会较高，且通常不会消失。
瘤内有实心部分、有中膈且中膈甚厚、两侧长瘤、瘤表面有不规则凸起，腹腔内有积水等，则要考虑恶性的机率不小，尽速动刀为宜。因此如果超音波扫瞄发现有不是单纯水瘤状的卵巢瘤，宜尽速就医诊治。
对于不太大的水瘤，如果很介意它老是不消掉，目前还有个不动刀的方法，就是超音波导引下做穿刺，七、八成可以因而免去一刀，但有两、三成的复发率，因此有些医师不赞成使用。也可以使用腹腔镜手术切除，不必开腹，同样可以完全摘除肿瘤。但如果是有实心部分、有中膈的水瘤，最好开腹探查才安全，因为有较高的机会是卵巢癌。
