除了过多的前列腺素会引起经期腹泻外，子宫内膜异位、骨盆腔炎等疾病也会导致经期腹泻，中医师指出，经期腹泻常被一般女性认为是经期「正常现象」，若忽视这些征兆不管，可能会让病情恶化，严重可能导致不孕。
疾病引起的经期腹泻中，最常见的原因为骨盆腔炎。罹患子宫内膜异位的女性，容易过度刺激肠胃道导致腹泻。根据统计，35%罹患子宫内膜异位症的女性，常伴有严重的经痛及腹泻症状。
若经痛伴随腹泻的情况特别严重，则有可能是骨盆腔发炎。由于子宫位于直肠前面，当骨盆腔发炎时，子宫腔体会充血变软，子宫的位置便会更贴近直肠，当子宫压挤直肠时，不仅会压迫到骶神经产生下坠感，还会刺激直肠黏膜收缩，导致腹泻。
